1. hibernate是全自动，而mybatis是半自动。
hibernate完全可以通过对象关系模型实现对数据库的操作，拥有完整的JavaBean对象与数据库的映射结构来自动生成sql。而mybatis仅有基本的字段映射，对象数据以及对象实际关系仍然需要通过手写sql来实现和管理。
2. hibernate数据库移植性远大于mybatis。
hibernate通过它强大的映射结构和hql语言，大大降低了对象与数据库（oracle、MySQL等）的耦合性，而mybatis由于需要手写sql，因此与数据库的耦合性直接取决于程序员写sql的方法，如果sql不具通用性而用了很多某数据库特性的sql语句的话，移植性也会随之降低很多，成本很高。
3. hibernate拥有完整的日志系统，mybatis则欠缺一些。
hibernate日志系统非常健全，涉及广泛，包括：sql记录、关系异常、优化警告、缓存提示、脏数据警告等；而mybatis则除了基本记录功能外，功能薄弱很多。
4. mybatis相比hibernate需要关心很多细节
hibernate配置要比mybatis复杂的多，学习成本也比mybatis高。但也正因为mybatis使用简单，才导致它要比hibernate关心很多技术细节。mybatis由于不用考虑很多细节，开发模式上与传统jdbc区别很小，因此很容易上手并开发项目，但忽略细节会导致项目前期bug较多，因而开发出相对稳定的软件很慢，而开发出软件却很快。hibernate则正好与之相反。但是如果使用hibernate很熟练的话，实际上开发效率丝毫不差于甚至超越mybatis。
5. sql直接优化上，mybatis要比hibernate方便很多
由于mybatis的sql都是写在xml里，因此优化sql比hibernate方便很多。而hibernate的sql很多都是自动生成的，无法直接维护sql；虽有hql，但功能还是不及sql强大，见到报表等变态需求时，hql也歇菜，也就是说hql是有局限的；hibernate虽然也支持原生sql，但开发模式上却与orm不同，需要转换思维，因此使用上不是非常方便。总之写sql的灵活度上hibernate不及mybatis。
总结：
mybatis：小巧、方便、高效、简单、直接、半自动
hibernate：强大、方便、高效、复杂、绕弯子、全自动
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