先看一段代码

 Exception e = new Exception("i is exception"); 
 e.printStackTrace(); 
 System.out.println("end"); 

以上代码多执行几次，会出现如下情况

System.out打印的内容在e.printStackTrace()之前输出！太不可思议了。
查看e.printStackTrace()源代码发现，它将内容输出到System.err

Throwable.java 
 public void printStackTrace() { 
        printStackTrace(System.err); 
    } 

原来，在操作系统中，存在三种标准输入/输出，分别是标准输入流、标准输出流、错误流，错误流是一种特殊的输出，一般将错误信息写入到错误流中。java中的System.out对应标准输出流，System.err对应错误流，因为是两种流，所以各自输出时机有差异，无法保证顺序。从而出现如上所示情景。
其实如果细心观察，这两种输出颜色不一样，控制台已经给做了区分。

修复

理解了以上原理，那么如何修复这个问题呢？其实也简单，让他们都输出到同一流中就行了。e.printStackTrace()有个重载方法printStackTrace(PrintStream s)

 Exception e = new Exception("i is exception"); 
 e.printStackTrace(System.out); //fix 顺序不确定 
 System.out.println("end"); 

再执行以下，发现颜色都一致了。

参考

Why does the execution order between the printStackTrace() and the other methods appear to be nondeterministic?