全网第一个单细胞转录组数据分析实战视频教程

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回首年前开创的单细胞天地公众号，再看看单细胞转录组知识星球的精华资源，一年时间就这样过去了，感慨万千！

单细胞微信交流群大家思想碰撞程度非常激烈和收获巨大，但同时也存在时间利用率不高，重复讨论等弊端。

考虑到有着源源不断的初学者加入，而且部分老队员基础知识的匮乏，都催促着我有必要做些什么来改变这个现状。

依托于我在生信技能树联盟平台发布的长达74个小时全套生物信息学入门视频：生信技能树视频课程学习路径，这么好的视频还免费！

我在这里发布两个单细胞转录组数据分析实战视频教程，因为工作量巨大，而且内容价值可观，这次不免费发布了，如果你实在有需求，或者感兴趣单细胞转录组这样的前沿领域研究需要充电丰富自己的知识，就看完我的下面这个文献分享PPT，到文末找到视频课程大纲目录，以及付费方式

文献分享结束，关于文献具体细节，我在B站分享了详细视频，跳到文末的阅读原文即可！

现在分享一下单细胞转录组数据分析实战课程目录大纲：

单元一 – 背景介绍

主要是概括了一下单细胞转录组近10年的发展历程，以及追求每个细胞检测到的基因数量的代表性技术smart-seq2, 和一味追求检测到的细胞数量的代表性技术10x 的介绍，还有一个文献的解读

• 蓬勃发展的单细胞转录组
• 学习资源大全
• 文献解读

单元二 – 常规转录组数据分析回顾

主要是考虑到完全复现这篇文章数据的全部处理过程，需要掌握linux，r，转录组，考虑到不少人会基础知识有点薄弱，所以通过引入常规转录组数据分析的演示来提醒大家巩固基础知识！

• 从GEO数据库直接下载RNA-seq表达矩阵并简单过滤
• 表达矩阵的多元质控之热图
• 表达矩阵的多元质控之变异系数
• 表达矩阵的多元质控之批次效应
• 表达矩阵的多元质控之检测到的基因数量
• PAM50表达分类
• 细胞周期推断
• 差异表达分析之DEseq2和edgeR以及limma包
• PCA及tSNE细胞分群
• 各细胞亚群的top显著差异表达基因的GO和KEGG数据库注释

单元三 – 单细胞转录组数据初探

重新这篇以追求每个细胞检测到的基因数量的代表性技术smart-seq2的单细胞转录组文献，这里主要介绍最流行的3款R包！

• 单细胞转录组与常规bulk转录组异同点分析
• 单细胞差异基因表达统计学方法比较
• 单细胞优秀综合工具R包实战之scater
• 单细胞优秀综合工具R包实战之seurat
• 单细胞优秀综合工具R包实战之monocle

单元四 – 公共数据库整合分析

单细胞转录组数据分析是文章的精华，但是基于生物学背景的公共数据库整合挖掘也必不可少，这里完全模仿文章的分析流程，提供大家在自己的领域触类旁通的技能底蕴。

• 下载TCGA数据库的BRCA样本的array和seq的表达矩阵
• 下载METABRIC数据库的表达矩阵
• 下载参考文献的乳腺癌数据集
• 下载6个参考文献的基因集
• 不同基因集在不同数据集的相关性分析

单元五- 展望

考虑到单细胞转录组目前的主流其实更偏向于检测到的细胞数量的增多，课程的结尾有必要展望一下新技术。

• 10X数据资源介绍
• 单细胞转录组大计划介绍
• 10X数据文献重现视频教程预告

参考

科研前沿新闻：北大谢晓亮组又更新了他们的单细胞全基因组扩展方法

nature的新闻：单细胞测序

我的博士综述作业PPT：单细胞转录组数据处理综述

其它系列原创单细胞转录组教程笔记链接：

比较不同的对单细胞转录组数据聚类的方法
比较不同的对单细胞转录组数据normalization方法
比较不同的对单细胞转录组数据寻找差异基因的方法
比较不同单细胞转录组数据寻找features方法
单细胞转录组3大R包之scater
单细胞转录组3大R包之Seurat
单细胞转录组3大R包之monocle2