本篇内容主要讲解“velvet怎么安装使用”,感兴趣的朋友不妨来看看。本文介绍的方法操作简单快捷,实用性强。下面就让小编来带大家学习“velvet怎么安装使用”吧!
velvet是由EMBL-EBI开发的一款基因组组装工具
安装过程如下
wget https://www.ebi.ac.uk/~zerbino/velvet/velvet_1.2.10.tgz tar xzvf velvet_1.2.10.tgz cd velvet_1.2.10/ make 'MAXKMERLENGTH=127'
默认情况下,velvet支持的kmer最大长度为31bp, 如果想要只会更大长度的kmer,在编译时需要设置MAXKMERLENGTH
的值。编译完成后,会生成如下两个可执行文件
-
velveth
-
velvetg
软件的运行过程对应的也分成两步
1. velveth
用法如下
velveth Assem 31 -shortPaired -fasta -separate left.fa right.fa
第一个参数Assem
, 代表输出结果的目录;shortPaired
指定测序类型,fasta
指定输入的序列格式。
对于二代测序平台的数据,常用的测序类型包括以下两种情况
-
short
-
shortPaired
short
用于单独数据,shortPaired
用于双端数据。输入的序列文件支持以下格式:
-
fasta/fasta.gz
-
fastq/fastq.gz
-
sam/bam
通过不同的参数指定输入文件的格式,-fasta
对应fasta格式;-fastq
对应fastq格式,-fastq.gz
对应fastq.gz格式,-fasta.gz
对应fasta.gz格式,-sam
对应sam格式,-bam
对应bam格式。
对于双端数据,有以下两种格式
-
interleaved
-
separate
R1和R2端序列保存在两个文件中,就是separate
格式;interleaved
是双端序列的一种格式,R1端和R2端的序列保存在一个文件当中,每一条序列的R1端之后紧跟着就是R2端序列;对于双端测序,默认是interleaved
格式,如果是separate
格式,要显示的声明。
还需要注意的一个用法就是kmer长度,在实际分析时,通常会采用一系列的kmer长度分别组装,然后挑选一个最佳的结果。velvet 的kmer参数可以设置为一个梯度,示例如下
velveth Assem 31,37,2 -shortPaired -fasta -separate left.fa right.fa
上述用法中的31,37,2
表示从kmer=31开始组装,然后进行递增,步长为2,依次进行33, 35, 37共4个kmer长度的组装。这样的参数设计非常的贴合实际需求。
运行结束后,会在输出目录生成以下文件
-
Sequences
-
Roadmaps
2. velvetg
基本用法如下
velvetg Assembly/ -min_contig_lgth 100
第一个参数为上一步的输出目录,min_contig_lgth
代表contig的最小长度,小于该长度的contig会被删除,不会出现在最终的结果中。
运行结束后,输出目录下的contigs.fa
就是最终的组装结果。
到此,相信大家对“velvet怎么安装使用”有了更深的了解,不妨来实际操作一番吧!这里是亿速云网站,更多相关内容可以进入相关频道进行查询,关注我们,继续学习!
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