circos中connector有什么用

这篇文章将为大家详细讲解有关circos中connector有什么用,小编觉得挺实用的,因此分享给大家做个参考,希望大家阅读完这篇文章后可以有所收获。

connector 用于展示基因组上两个位置之间的关系,通过一套折线将两个位置连接起来,示例如下

circos中connector有什么用
靠近染色体的折线区域就是connector了。可以看到,connector也是通过一个圆环区域进行展示,连线的起始位置位于圆环的内径上,终止位置位于圆环的外径上。

配置文件的写法如下

circos中connector有什么用

首先看下file中定义的数据内容

circos中connector有什么用

file中,,每一行定义了一条连线,第一列是染色体名称,第二列和第三列分别代表连线的起始位置和终止位置,起始点位于r0上,终止点位于r1上,示意图如下

circos中connector有什么用
connector的属性比较少,r0r1定义圆环的内径和外径, 决定connector在图上的位置; thickness定义连线的粗细,color定义连线的颜色。

连线的形状由connetor_dim属性控制,这个数值的值是由5个数值构成的list, 用法如下

connector_dims = 0.05,0.15,0.6,0.1,0.1

这5个数值将r0r1之间的距离划分成5个区域,数值代表的是每个区域的比例,所以5个数值的和一定为1,示意图如下:··

circos中connector有什么用

connector的用法相对简单,在实际使用中的频率并不高。

关于“circos中connector有什么用”这篇文章就分享到这里了,希望以上内容可以对大家有一定的帮助,使各位可以学到更多知识,如果觉得文章不错,请把它分享出去让更多的人看到。

原创文章,作者:kirin,如若转载,请注明出处:https://blog.ytso.com/220275.html

(0)
上一篇 2022年1月2日
下一篇 2022年1月2日

相关推荐

发表回复

登录后才能评论