Linux一些错误总结

1、cannot verify <mydomainname> certificate, issued by ‘/C=US/O=Let’s Encrypt/CN=R3’:

解决1：wget –no-check-certificate <website> //再运行一遍

解决2：sudo yum install -y ca-certificates  //之后再运行wget命令下载

也可参考https://www.openssl.org/blog/blog/2021/09/13/LetsEncryptRootCertExpire/

 

2、Archive:  fastqc_v0.11.9.zip  //解压zip文件式出现错误

解压zip文件出错一般有两种情况：

1.文件未完全下载（可在windows系统上试试能够能解压文件）

2.下载下来的文件并不是.zip格式

使用MD5校验：

md5sum fastqc_v0.11.9.zip
output: ee7901b681bb2762d75d5a56c7ec6958  fastqc_v0.11.9.zip

接下来，尝试文件类型：

file fastqc_v0.11.9.zip
output: fastqc_v0.11.9.zip: Zip archive data, at least v2.0 to extract

如果这两个输出结果不完全一样，可能是zip文件损坏。

对于文件损坏的情况，解决方法：

1. 使用 curl -L 下载地址 > 自定义文件名.zip 命令进行下载
2. 在下载地址的后面加上 ?raw=true

若文件没有损坏：可以安装使用jar、7z命令解压尝试。

 

3、wget下载速度奇慢

wget相对于浏览器来说，速度会比较偏慢，特别是国外的网站。

mwget是一个多线程下载应用，可以明显提高下载速度。

mwget安装步骤如下：

#!/bin/bash
wget http://jaist.dl.sourceforge.net/project/kmphpfm/mwget/0.1/mwget_0.1.0.orig.tar.bz2
yum install bzip2 gcc-c++ openssl-devel intltool -y #安装一个c++编译器
bzip2 -d mwget_0.1.0.orig.tar.bz2
tar -xvf mwget_0.1.0.orig.tar 
cd mwget_0.1.0.orig
./configure 　　#一般用来生成 Makefile，为下一步的编译做准备，你可以通过在 configure 后加上参数来对安装进行控制，比如代码:./configure –prefix=/usr 意思是将该软件安装在/usr下面
make　　　　　　 #编译，大多数的源代码包都需经过这一步进行编译
make install　　#开始安装
#一般都需要在root权限下编译安装

类似的也有：CentOS7更换yum安装源

若安装mwget出现问题，可参考：mwget安装常见问题

mwget源码安装

安装系统需要的包就行，sudo yum install openssl-devel.x86_64

 

4、批量解压zip文件时报错

在尝试使用单个zip命令解压缩整个 zip 目录，可能会出现以上报错

*符号必须被转义，因此，需要添加转义符

unzip /*.zip

 你也可以参考文件名不匹配 寻找更多解决方法。

 

5、ImportError: /lib64/libc.so.6: version `GLIBC_2.25′ 问题解决

安装OrthoFinder 后，打印帮助文件时报错如下

载入OrthoFinder时提示Glibc版本过低，需要升级到指定版本。

升级glibc版本前需要做好gcc，make，bison的升级。

gcc可以实现Linux上的多版本安装，高版本的gcc安装见后文。

# 安装gcc-4.8
sudo yum install gcc-4.8
# 设置gcc-4.8的优先级
sudo update-alternatives --install /usr/bin/gcc gcc /usr/bin/gcc 40
# 设置gcc-8.2的优先级 //笔者新版gcc-8.2安装至/usr/local/bin #此路径根据实际情况更改，不可覆盖/usr/bin/gcc
sudo update-alternatives --install /usr/bin/gcc gcc /usr/local/bin/gcc 50 #一般需要将新版本gcc安装到其他目录，在这一步写出即可
# 修改系统中的默认gcc版本
sudo update-alternatives --config gcc

说明: 执行sudo update-alternatives –config gcc之后,就会跳出选项,输入gcc版本对应的数字,就会选择对应的gcc版本作为默认版本，如下图。

#删除多余版本时我们可以使用 --remove加以删除
update-alternatives –remove java /usr/lib/jvm/jre1.6.0_20/bin/java

extra knowledge

上述update-alternatives的用于修改系统中命令的实际执行程序.

–install <链接> <名称> <路径> <优先级> 在系统中加入一组候选项

<链接>: /usr/bin/gcc 为系统中某命令的具体路径,本文中指的就是在终端中执行gcc命令,会调用/usr/bin/gcc.

<名称>: gcc 为在终端中执行的具体命令,本文中指gcc

<路径>: /usr/bin/gcc-4.8和/usr/bin/gcc-5 为在终端中输入命令后,具体的执行程序的路径.本文中指在终端中输入gcc,具体调用的程序路径

<优先级>: 40和50,是一个整数，在自动模式下，这个数字越高的选项，其优先级也就越高。

–config <名称> 列出 <名称> 替换组中的可选项，并就使用其中哪一个，征询用户的意见。

<名称>: 即上面说的终端中的具体命令, gcc

#首先要做好gcc，make，bison的更新
#尽量不要随意更新glibc，更新出错易导致系统崩溃。
#update to **gcc 8.2.0 :** 
$ gcc -v
$ yum -y install wget bzip2 gcc gcc-c++ glibc-headers
download package ：https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/gnu/gcc 
or
$ wget -c -P /software/ https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/gnu/gcc/gcc-8.2.0/gcc-8.2.0.tar.gz

$ cd /software/
$ tar -zxvf gcc-8.2.0.tar.gz
$ cd gcc-8.2.0
$ ./contrib/download_prerequisites   
result：
gmp-6.1.0.tar.bz2: OK
mpfr-3.1.4.tar.bz2: OK
mpc-1.0.3.tar.gz: OK
isl-0.18.tar.bz2: OK
All prerequisites downloaded successfully.
#如果上述这一步卡住，无反应，可以考虑手动下载依赖包到GCC源码根目录。如下：
wget http://ftp.gnu.org/pub/gnu/gmp/gmp-6.1.0.tar.bz2
wget http://ftp.gnu.org/gnu/mpfr/mpfr-3.1.4.tar.bz2
wget http://ftp.gnu.org/gnu/mpc/mpc-1.0.3.tar.gz
wget http://gcc.gnu.org/pub/gcc/infrastructure/isl-0.18.tar.bz2

#再次执行：
./contrib/download_prerequisites --no-verify

$ mkdir build
$ cd bulid
$ ../configure --prefix=/usr/local/gcc-8.2.0 --enable-bootstrap --enable-checking=release --enable-languages=c,c++ --disable-multilib

$ make 
My system execute make command at least 3 hours, please waiting it complete.

then: 
$ make install

$ echo -e '/nexport PATH=/usr/local/gcc-8.2.0/bin:$PATH/n' >> /etc/profile.d/gcc.sh && source /etc/profile.d/gcc.sh
$ ln -sv /usr/local/gcc-8.2.0/include/ /usr/include/gcc
$  ldconfig -v    

$ ldconfig -p |grep gcc
result: 
libgcc_s.so.1 (libc6,x86-64) => /lib64/libgcc_s.so.1
##check version 
$  gcc -v 
------------------------------------
**make 4.2.1:**
First download make 4.2.1 from https://ftp.gnu.org/gnu/make/
$ make -v 
$ tar -zxvf make-4.2.1.tar.gz
$ cd make-4.2.1
$ mkdir build
$ cd build
$ ../configure --prefix=/usr
$ sh build.sh
$ make install
check result 
$make -v
----------------------------------------
**bison 3.0.4**
$ bison -V
if not found result ,need install:
$ yum install -y bison
--------------------------------------------------------
all complete , you can install glibc-2.28

download glibc-2.28 from http://ftp.gnu.org/gnu/glibc. 
put it into /software

You can adopt the following steps：

$ tar -xf glibc-2.28.tar.gz
$ cd glibc-2.28
$ mkdir build
$ cd build
$ ../configure --prefix=/usr --disable-profile --enable-add-ons --with-headers=/usr/include --with-binutils=/usr/bin

$ make
$ make install 
$ ls -l /lib64/libc.so.6

Last, check version : 
$ strings /lib64/libc.so.6 | grep GLIBC
.....
GLIBC_2.26
GLIBC_2.27
GLIBC_2.28
GLIBC_PRIVATE

It's completed .

Other : 
bootstarp Directus , maybe get error: 
Import Error: /usr/lib64/libstdc++.so.6: version `CXXABI_1.3.8' not found, you reed update CXXABI : 

$ strings /usr/lib64/libstdc++.so.6 | grep 'CXXABI'

download:[ libstdc++.so.6.0](https://www.02405.com/uploads/soft/201124/1-2011241A414.zip)
put it into /usr/lib64 

$  cd /usr/lib64
$ rm -rf libstdc++.so.6
$ ln -s libstdc++.so.6.0.22 libstdc++.so.6

注：解压gmp-6.1.0.tar.bz2这个文件时，可能会报错(未提前安装bzip2)，如下：

因此需要安装 bzip2 解压。

yum install bzip2

如果还不行，可以考虑直接把 .bz2 的压缩包在 windows 上解压的目录拷贝到 CentOS GCC 源码根目录下解决。

再次执行：
./contrib/download_prerequisites –no-verify

运行成功，如下：
All prerequisites downloaded successfully.

编译安装glibc时报错

Reference

1. ImportError: /lib64/libc.so.6: version `GLIBC_2.17′ 问题解决
2. 更新 GLIBC_2.17 到更高版本
3. glibc的升级以及相关错误解决
4. ./contrib/download_prerequisites没有反应
5. 如何设置多个版本gcc
6. Linux如何替换低版本gcc
7. 使用update-alternatives命令进行版本的切换
8. glibc安装完全版

 

 

6、python查看库是否安装

如上图 python -c "import moudle"

即可查看相关模块是否安装^[1]

之后可以使用pip 命令安装 -i加上国内镜像加快下载速度

如pip install -i https://mirrors.cloud.tencent.com/pypi/simple numpy

注：其他国内镜像源：

源名	源地址
腾讯源	https://mirrors.cloud.tencent.com/pypi/simple
阿里源	http://mirrors.aliyun.com/pypi/simple/
豆瓣源	http://pypi.douban.com/simple/
清华源	https://pypi.tuna.tsinghua.edu.cn/simple/

 

 或者通过脚本自动查看

'''
Author: your name
Date: 2021-03-31 16:58:02
LastEditTime: 2021-03-31 18:02:00
LastEditors: your name
Description: In User Settings Edit
FilePath: /Eddy_Compare_data/检测第三方库是否存在_如果不存在则导入库.py
在导入第三方库的时候，
'''


import os 
libs = ['numpy']  #罗列需要使用的库名称，避免因为没有第三方库报错

url = r'https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/pypi/web/simple/'  #清华镜像网站
try:
    import numpy as np

    print('Input library successful')
except ModuleNotFoundError:
	print('Failed SomeHow')
	for lib in libs:
		print("Start install {0}".format(lib))
		os.system('pip install %s -i %s'%(lib,url))
		print('{0} install successful'.format(lib))
	print('All install successful ')
	import numpy as np

for i in np.arange(10):
	print(i)

 

 

Rerfence:

1. Python 安装和依赖管理

 

 

7、 error while loading shared libraries: libbz2.so.1.0

当时是安装了R包sleuth，安装完后出现了上图报错

发现libbz2 本来应该是sleuth依赖包 bzip2 安装时自动装到 anaconda 文件夹下 lib 里的动态库，老版本的 anaconda 由于下载源不同，导致了 libbz2 的缺失：

参考^[1]时发现可以有以下解决方法，不过当时问题没有得到解决

解决方法^[1]:

1. 更新 anaconda，我之前用的是 3.3.2，直接更新到最新版，完美运行。
2. conda config –remove channels ‘bzip2的下载源’，删除掉它
3. 修改~/.condarc文件提高conda-forge的优先级，也就是把conda-forge 放在channels 列表的第一位

之后在/usr/lib64/文件夹下面找了找，看到了类似的文件，同样在lib文件下，名称类似，推测起着相同的作用

不过因为没有root权限，无法直接建立软链接，因此选择cp 复制

不过又发现了新的报错“undefined symbol: PC”

推测是在显示的“ /home/user/…/…/”路径下，libreadline.so.6文件出现了问题

使用locate libreadline.so.6 发现查看该文件出现的位置

采取前文步骤，试试cp复制后效果

问题解决。

好吧，发现重启之后又出现了类似问题，不想再修改了，因此选择用本机的R环境

安装sleuth^[2]并进行后续差异基因分析

步骤如下：

#R包sleuth安装
source("http://bioconductor.org/biocLite.R")
biocLite("rhdf5")
install.packages("devtools")
devtools::install_github("pachterlab/sleuth")
#if error try next#

#基本安装框架
if (!require("BiocManager", quiet = TRUE))
  install.packages("BiocManager")

BiocManager::install("rhdf5")

if (!require("BiocManager", quietly = TRUE))
  install.packages("BiocManager")

BiocManager::install(version = "3.14")
BiocManager::install("devtools")

devtools::install_github("pachterlab/sleuth")
#基本安装框架

 之后就可以library (sleuth) 愉快的进行后续分析了。

 

Reference：

1. error while loading shared libraries
2. download r-sleuth

 

#未完待续.