Scanpy源码浅析之pp.highly_variable_genes

版本

导入Scanpy, 其版本为’1.9.1’，如果你看到的源码和下文有差异，其可能是由于版本差异。

import scanpy as sc

sc.__version__
#'1.9.1'

功能

函数pp.highly_variable_genes其源代码在scanpy/preprocessing/_highly_variable_genes.py
其主要功能寻找高变基因。当前函数内置了3个方法来寻找高变基因，可以通过参数flavor 选择。其分别为：‘seurat’, ‘cell_ranger’, ‘seurat_v3’。’seurat_v3′ 应该是seurat 第3个大版本使用的方法，对应于Seurat::FindVariableFeatures 的 selection.method = “vst”。现在Seurat已经第四个版本，默认也是vst。

代码解析

由于该函数代码较多，将会分成3部分解析：

• _highly_variable_genes_seurat_v3
• _highly_variable_genes_single_batch
• _highly_variable_genes(multiple batch)