基于Nextflow的nf-core是生物信息学分析的集大成者

Nextflow’s documentation! — Nextflow 23.10.1 documentation

基于nextflow的nf-core，里面存储了几十种NGS组学数据分析流程哦，而且文章发表在NBT。最早应该是生信技能树的学习大使《二货潜》发在朋友圈的，他同时也推荐了 加拿大生物信息学研讨会资源宝藏 。然后我看到生信技能树的宝藏男孩《唐医生》在 菜鸟团一周文献推荐（No.50） ，再次提到多种组学的生信分析流程大整合：

文章信息

题目：The nf-core framework for community-curated bioinformatics pipelines

杂志：Nature Biotechnology

时间：Published: 13 February 2020

链接: https://www.nature.com/articles/s41587-020-0439-x

目前 nf-core 共包含了 27 种分析流程，如下：

而nf-core里面的不同流程，本质上就是一些测试数据和写好的配置文件，方便我们的nextflow调用配置文件来处理测序数据，每一种流程都是一些数据的处理步骤的集合！

生信流程大全-基于nextflow的nf-core – 知乎 (zhihu.com)

基于Nextflow的nf-core是生物信息学分析的集大成者

简单来说，它把各类组学分析中所有的流程整合在一起，我们只需要提供测序数据，就能完成复杂的上游分析。

但是在实际操作中，特别是在服务器的计算节点上跑nf-core时，还是会遇到各式各样的问题。这篇文章将带领从未接触过nextflow和nf-core的小白们，从0到1完成该些流程的分析。

题目：The nf-core framework for community-curated bioinformatics pipelines
杂志：Nature Biotechnology
时间：Published: 13 February 2020
链接: https://www.nature.com/articles/s41587-020-0439-x

1. nf-core里有多少种流程（pipeline）？

截止到目前，一共有32种流程可供选择。此次示范，我们选择的是最常用的rnaseq流程。

2. 如何下载Nextflow和nf-core？

Nextflow 之 nf-core-rnaseq 实战 – 知乎 (zhihu.com)