今天就跟大家聊聊有关KEGG数据库病毒基因组的下载是怎样的，可能很多人都不太了解，为了让大家更加了解，小编给大家总结了以下内容，希望大家根据这篇文章可以有所收获。
KEGG数据库蛋白序列数据的下载方法中存在两个问题：
1. 在KEGG数据库中病毒物种的命名并非像细胞生物一样为小写字母的缩写，因此在批量下载时遇到病毒会报错而无法下载，如下所示：
2. 在根据蛋白序列id下载序列时会出现下载不完整的情况，这样在最终的合并时就会出现错误。
现针对以上两个问题提供解决方案。首先针对第一个问题，在KEGG数据库中病毒物种的名称的确没有标准缩写，但是所有病毒可以用缩写“vg”来表示（也即viral genome的缩写），下载方法如下所示：
wget -c http://rest.kegg.jp/list/vg
这样我们就获得了所有病毒的蛋白列表，如下所示：
vg:23892186 CP, DU23_s2gp1; Arhar cryptic virus-II; Coat Proteinvg:24271495 LAT, HHV2s01; Human alphaherpesvirus 2; LATvg:1487286 RL1, HHV2p77; Human alphaherpesvirus 2; neurovirulence protein ICP34.5vg:1487288 RL2, HHV2p76; Human alphaherpesvirus 2; ubiquitin E3 ligase ICP0vg:1487292 UL1, HHV2p75; Human alphaherpesvirus 2; envelope glycoprotein Lvg:1487303 UL2, HHV2p74; Human alphaherpesvirus 2; uracil-DNA glycosylasevg:24271453 UL3, HHV2p73; Human alphaherpesvirus 2; nuclear protein UL3vg:1487326 UL4, HHV2p71; Human alphaherpesvirus 2; nuclear protein UL4vg:1487338 UL5, HHV2p72; Human alphaherpesvirus 2; helicase-primase helicase subunitvg:1487346 UL6, HHV2p70; Human alphaherpesvirus 2; capsid portal protein
其中左边第一列即为病毒蛋白序列的id，可以遍历id来获得序列。
针对第二个问题，这是wget命令的一个缺陷，我们可以通过判断每个文件的最后是否为换行符/n来判断文件是否下载完整，如下所示：
tail -n1 <download_file> |wc -l
如果文件下载完整，最后一个字符为换行符，那么结果为1，否则为0，如下所示：
看完上述内容，你们对KEGG数据库病毒基因组的下载是怎样的有进一步的了解吗？如果还想了解更多知识或者相关内容，请关注亿速云行业资讯频道，感谢大家的支持。
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