研究：对SARS-CoV-2变异测序的缺乏正在危及全球对大流行的应对

监测对于成功和快速应对疾病暴发至关重要，但公共卫生监测传统上侧重于监测病例数、住院人数和死亡人数。现在，基因组测序的进展使我们能以前所未有的细节追踪进化中的病毒的遗传变异。然而，尽管在一些国家可以获得测序，但采用基因组学作为监测导致COVID-19的SARS-CoV-2病毒的战略一直是缓慢、困难和不一致的。对此，Crawford指出，截至2021年4月初，美国在SARS-CoV-2变异监测测序方面排名世界第33位。她说，历史上，美国疾病控制和预防中心(CDC)没有优先考虑公共卫生基因组研究，这种偏见给他们对SARS-CoV-2的实时演变及其对疾病传播和严重性的影响的理解造成了一个巨大的缺口。

Crawford表示，资金不足、缺乏有效的样本跟踪系统以及对样本和数据共享的严格规定是测序工作不充分的原因。不过，中国和英国等其他国家已经成功地克服了这些挑战。美CDC最近承诺投入2亿多美元来加强测序，但Crawford指出，这一迟来的投资意味着，美国缺乏用于COVID-19研究的有组织的患者信息数据库。她警告称，对SARS-CoV-2基因组学的投资需要继续并扩大，因为由于全球疫苗接种率和COVID-19预防措施的不同可能会出现新的变异。

鉴于SARS-CoV-2是一种以前没有人类感染的新型人畜共患疾病，Crawford认为，测序和分析对于理解疫情的爆发轨迹及其演变都是至关重要的，另外还迫切需要作出规定从而将遗传数据与公共卫生研究的临床和流行病学数据来源联系起来。最后，她得出结论称，目前仍需要进行国际测序工作以了解和应对这种不断演变的、没有国际边界的病毒。

Crawford补充道：“COVID-19控制需要接近实时的宿主病原体基因组和公共卫生数据，从而能跟踪SARS-CoV-2是如何进化的以及这种进化如何影响传播和疾病严重程度。美国和全球的测序工作太少也太脱节，这突出表明有必要跟人类基因组学合作并将其技术整合到新出现的传染病公共卫生应对措施中。”